Covid-19’un yeni bir korkunç düşmanı var: Dünyanın en hızlı süper bilgisayarı. Tennessee Üniversitesi’ndeki biyofizikçiler binlerce molekülü elemek ve şu anki Covid-19 pandemisinden (salgın) sorumlu koronavirüs olan SARS-CoV-2’ye karşı yeni bir ilaç olarak kullanılabilecek potansiyel bileşikleri bulmak için IBM (International Business Machines yani Uluslararası İş Makineleri) tarafından üretilen süper bilgisayar SUMMIT’i kullandılar.
Birkaç günlük hesaplamalardan sonra, süper bilgisayar SARS-Cov-2’nin insan hücrelerini istila etmesini önlemeye yardımcı olabileceklerini gösteren en az 77 bileşik bulmayı başardı.
Bulgular yakın zamanda ChemRxiu ( Kimya için açık erişimli bir ön baskı arşivi platformu) ön baskı sunucunda bulunan bir makaleyi yayınladı. Bu, makalenin hakem değerlendirmesi beklediği anlamına geliyor; bu sebeple araştırma ‘’devam eden araştırma’’ olarak düşünülmelidir.
Koronavirüslerinin yüzeyleri insan hücrelerine bağlanmalarına, adından da anlaşılabileceği üzere bir kilit ve anahtar gibi enfekte olmasına izin veren dikenli taç benzeri proteinlerle kaplıdır. Virüs proteinlerinin insan hücresinin reseptörlerini ve diğer kimyasal bileşiklerin onlarla etkileşme şeklini anlamakla birlikte, ilaçların patojene karşı nasıl etkili olabileceğini bulmak mümkündür.
Derinlemesine Analiz İçin SUMMIT
SUMMIT var olan ilaçlar, kimyasallar, bitkisel ilaçlar ve doğal ürünlerden bilinen 8000’den fazla bileşiğin veritabanını derinlemesine analiz etmek için kullanılmıştır. Görevi SARS-CoV-2 virüsünün sivri protein uçlarına bağlanabilen bileşikleri açığa çıkarmaktı. Böylece, virüsün anahtarını bloke edebilirdi ve teorik olarak vücut hücrelerini işgal etmesini durdurabilirdi.
Tennessee Üniversitesi Moleküler Biyofizik Merkezi’nin müdürü Jeremy Smith ‘’ Bizim 1-2 günümüzü aldı, oysa normal bir bilgisayarla aylar alacaktı.’’ dedi.
Tabiki de pratikte süper bilgisayar tarafından bulunan bileşimlerin etkili olacağına dair bir garanti yok. Buna ek olarak, herhangi bir ilaç gibi, uygulanabilir bir tedavi olarak görülmeden önce kapsamlı testler ve klinik araştırmalar gerekecek. Tüm bunlarla birlikte, süper bilgisayarın çalışması araştırmacıların takip etmesi gereken bazı umut verici adayların belirlenmesinde yardımcı oldu.
Smith ‘’ Sonuçlarımız Covid-19’a bir çare veya tedavi bulduğumuz anlamına gelmiyor.’’ dedi. ‘’ Ancak hesaplama sonuçlarımızın hem gelecekteki çalışmaları bilgilendireceğinden hem de deneycilerin bu bileşikleri daha fazla araştırmak için kullanacağı bir bakış açısı sağlayacağından çok umutluyuz. Ancak o zaman onlardan herhangi birinin bu virüsü azaltmak için gerekli özellikleri gösterip göstermediğini bileceğiz.
SUMMIT süper bilgisayarların ‘’Formula 1’i ’’ olarak tanımlanıyor. Tennessee’de ki Oak Ridge Ulusal Laboratuvarında bulunan süper bilgisayar, iki tenis kortu büyüklüğündedir ve saniyede 200 katrilyondan fazla hesaplama yapabilmektedir. Süpernovaları ve çevreyi modellemekte, kanser ve genetik hakkındaki yoğun verileri hesaplamaya kadar çeşitli yüce görevler için çeşitli araştırmacılar tarafından kullanılmaktadır.
Bu araştırma yeni ilaçlar bulmak için bilgisayarların ilk kullanılışları değil. Sadece geçen ay, araştırmacılar 100 milyondan fazla kimyasal bileşiğin geniş dijital arşivini gözden geçirmek için yeni bir bilgisayar algoritması kullandılar ve gerçekten de dikkate değer bazı antibiyotik özelliklere sahip gibi görünen bir molekül bulabildiler.
Çeviri: Zeynep Arıtoprak / K: Ifl Science
Rabbim ilmini arttırsın emeklerini zayi etmesin.