Kolombiya Üniversitesi ve New York Genom Merkezi’nden (NYGC) araştırmacı ekipler tarafından geliştirilen yeni yazılım, DNA kullanarak kimliği hızlı ve doğru bir şekilde doğrulamaya yardımcı olacak. Yöntem, gerçek zamanlı olarak 10-20 GB’lık verileri sıralayabilen küçük, kredi kartı boyutunda bir cihaz olan Minion DNA sıralama cihazını kullanmayı içeriyor.
Çalışmanın kıdemli yazarı, NYGC’nin üyesi ve Kolombiya Veri Bilimi Enstitüsü üyesi olan Yaniv Erlich, “Yöntemimiz, toplum yararına hazır teknoloji kullanmak için yeni yollar açıyor” diyor. Bu araştırma eLife dergisinin son sayısında yayınlandı.
İki aşamalı süreçte, araştırmacılar, Minion ile dizilen DNA’dan bireysel varyantları (benzersiz nükleotidler) aldılar. Ve veri tabanındaki diğer genetik profillerde benzersiz her varyant setini, karşılık gelen varyantlarla karşılaştırmak için bir olasılık algoritması (Bayes Algoritması da denir) uyguladı. Her bir çapraz referans ile bir eşleşme doğrulama olasılığı artar ve arama daralır. Test, sistemin yalnızca bir kaç dakika içinde 60-300 çapraz referans arasında bir eşleşmeyi doğrulama kabiliyetine sahip olduğunu gösterdi.
Bu teknoloji önemli potansiyel uygulamalara da sahiptir. Afet Kurbanı Tanımlama (DVI) uzmanlarının, uçak kazaları veya depremler gibi büyük felaketlerden sonra cesetleri tespit etmesini kolaylaştıracaktır. Tecrübeli bir DVI uzmanı Richard Bassed, Vice’a verdiği demeçte, vücudu tanımak için DNA kullanımının pahalı olduğunu ve diş veya tıbbi kayıtları incelemek gibi yöntemlerden daha fazla zaman aldığını söyledi. Minion ve bu yeni yazılım, hem maliyeti hem de doğru tanımlamanın gerçekleştirilmesi için gerekli süreyi azaltabilir. Teknoloji aynı zamanda önemli kanser araştırmalarında boşa harcanan kaynak ve zamanı azaltmaya da yardımcı olabilir.
Yeni yöntem ayrıca, laboratuvarların, hücre hatlarını nispeten ucuz bir fiyata kolayca doğrulamasına da imkan tanıyor. NYGC’nin temel öğretim üyesi ve NYU Biyoloji Bölümü’nden asistan profesör Neville Sanjana, “Doğru fiyata her laboratuvar bunu kabul edecek” dedi.
Yazılım zaten bir genel kamu lisansı (GNU) altında GitHub’da indirilebiliyor. Bu nedenle laboratuvarınız bugün dünyayı değiştirmeye başlayabilir.
